Introduktion och dag 1

Den här bloggen är ett moment som ingår i kursen molekylärbiologi och molekylärbiologisk metodik. Den kommer handla om en serie laborationer som sträcker sig över 4 dagar och går ut på att isolera en specifik gen ur E coli-bakterier.

Jag kommer inte ta upp särskilt mycket om utföranden och bara förklara metoderna i korthet.  

 Introduktion 

Vi har en E-kolv full med E. coli-bakterier och dessa innehåller förhoppningsvis en gen som kallas för LL37. Denna gen kodar för en antibakteriell peptid som är viktig för vårt immunförsvar. Denna gen finns inte naturligt i bakterier utan det är någon lärare som har klonat in den i en vektorplasmid. Vårt jobb är nu att rena fram dessa plasmider och isolera gen LL37 om den nu finns med i dessa bakteriekolonier. För helt säker kan vi ju aldrig vara.

 DAG 1

Okej första laborationstillfället har nu varit. Dagens (eller gårdagens egentligen…) laborationsmoment bestod av:

-Rening av rekombinant plasmid enligt Qiagen metoden. Vi (jag och min laborationspartner Ellie alltså… okej att jag är knäpp men inte så knäpp) har renat fram plasmid-DNA genom alkalisk lysering av bakterieceller och hoppas att vi lyckats få bort allt kromosomalt DNA, proteiner och övrigt cellskräp.  

Snygg-Ellie fixar strulande centrifug.

-Koncentrations- och renhetsbestämning av plasmidprep. Detta gjordes genom mätning av absorbansen i en spektrofotometer vid 230 – 300nm. Sedan var det bara att räkna ut koncentrationen som vi fick till 0,24µg/µl.

Det här är Adam. Adam the spektrofotometer.

Renhetsbestämningen är lite luddigare. Ska inte tråka ut er med själva beräkningen men en kvot på 1,8-1,9 tyder på ett rent plasmidprep. 1,6 - 2,0 är okej men det lägre värdet indikerar på att proteiner fortfarande kan finnas i provet. Det högre värdet var självklart det jag och Ellie fick. 

2,0.. Ett snyggt, bra värde och alldeles alldeles super-rent med kanske lite lite spår av RNA... Men det får vi veta först i nästa laborationsdag när vi ska göra en gelelektrofores. Fortsättning följer och mystiken tätnar *insert stämningshöjande musik här*...

Så här långt ser laborationen ut att gå bra men inget är hugget i sten än. Det kan fortfarande gå åt fanders som det brukar göra på labb. 

(-Lösningsberedning och pipettkontroll.) Detta var mest förberedande inför senare labb-dagar. Vi tillredde lite buffertar och kontrollerade att pipetterna mätte de volymer som de ska inför PCR:en som vi kommer göra nästa vecka. 

Vattenkrig någon? XD

Svar på lärarnas frågor: (Helt onödigt att läsa då svaren redan finns i texten ovan)

1) Idag har du renat en rekombinant plasmid från en bakteriesuspension. Vilka föroreningar har du förhoppningsvis tagit bort?

Kromosomalt DNA, proteiner och annat skräp.

2) Vad vet du om resultatet? Fick du ren plasmid?

Förhoppningsvis. Kvoten ligger på 2 vilket är ett gott tecken men helt hundra kan jag inte vara. ...än.

3)Är det något du funderar på som du vill att vi tar upp vid genomgång nästa labbdag eller vid labbuppföljningen?

Nix. =)